Die Zeit der Weltkriege
Das Territorium des heutigen Burgenlandes gehörte bis zum Ende des Ersten Weltkriegs zu Ungarn. Erst mit dem Vertrag von Trianon wurde das Burgenland – damals „Deutsch-Westungarn“ – Österreich zugesprochen. Durch die neue Grenzziehung fiel auch ein Teil der Neusiedler Seebahn an Österreich: 38 km der Strecke lagen nunmehr in Österreich, die restlichen 64 km in Ungarn. Die neue Grenze zwischen Österreich und Ungarn verlief zwischen den Stationen Pamhagen und Mekszikópuszta (heute Fertőújlak). Für den österreichischen Abschnitt wurde eine neue Konzession erteilt – sie trat am 24. Juli 1923 in Kraft. Ein neuerlicher Aufschwung der Bahn setzte mit der Einführung des Triebwagenverkehrs (Ödenburg – Celldömölk am 23. Mai 1926, Eszterháza – Neusiedl am 1. Jänner 1928) ein.
Der Einmarsch deutscher Truppen in Österreich am 12. März 1938 brachte zunächst nur eine Änderung der Uniformen der Eisenbahner mit sich. Nach dem Ausbruch des Krieges fiel dem ungarischen Abschnitt der Strecke größere Bedeutung zu, da über die Verbindung Celldömölk – Eszterháza – Ödenburg Bauxit zu den Flugzeugwerften des Dritten Reiches befördert wurde.
Der Bau des Süd-Ost-Walls brachte ab Jahresende 1944 eine Anhebung des Zugverkehrs im Abschnitt Neusiedl am See – Mönchhof-Halbturn mit sich. Zudem wurden wegen der Luftangriffe auf Eisenbahnknotenpunkte immer öfter Militärtransporte auf die Neusiedler Seebahn umgeleitet.
Mit dem Verkehr der letzten Züge (Personenzug 411 Neusiedl am See – Pamhagen am 27. März 1945 und Militärzug am 1. April 1945) begann die systematische Zerstörung der Strecke.

