Als Gegenleistung für die gewährten Förderungen zum Ausbau der Infrastruktur beteiligten sich im Jahr 2003 die Republik Österreich zu 48,3 % und das Land Burgenland zu 25,4 % an der Neusiedler Seebahn AG, der Vorgängergesellschaft der NSB GmbH. Die Raaberbahn AG war bis zu diesem Zeitpunkt zu 70 % Eigentümerin der NSB-Aktien.
Die Neusiedler Seebahn GmbH wurde 2010 von der Neusiedler Seebahn AG abgespalten und verwaltet den österreichen Streckenabschnitt von Pamhagen bis Neusiedl am See. Die Firma wurde am 29. Juni 2010 ins Firmenbuch eingetragen, mit Landesbeteiligung von 50,19 % als Mehrheitseigentümer und Beteiligung der Republik Österreich mit 49,81 %.
Der ungarische Streckenabschnitt von der Staatsgrenze Pamhagen bis Fertőszentmiklós wurde von 2010 bis 2015 weiterhin als Neusiedler Seebahn AG geführt und über die NSB GmbH verwaltet. Am 1. Juli 2015 wurde die NSB AG an die GYSEV AG in Sopron verkauft.
Der Anteil des Landes Burgenland wurde mit Jänner 2016 an die Verkehrsinfrastruktur Burgenland GmbH übertragen.
Als mehrheitlich dem Land Burgenland zugehöriges Unternehmen unterliegt die Neusiedler Seebahn GmbH dem Verhaltenskodex des Landes Burgenland (Version 2021) (PDF, 2,5 MB nicht barrierefrei), gleichzeitig jedoch auch dem Bundes-Public Corporate Governance Kodex (B-PCGK) (PDF, 2,5 MB), der 2012 von der Österreichischen Bundesregierung mit dem Ziel beschlossen wurde, für bundeseigene Unternehmen - angepasst an nationale und internationale Standards - zur Leitung und Überwachung von Unternehmen einheitliche Richtlinien für gute Corporate Governance zu schaffen und die Unternehmensführung und Überwachung transparent zu machen. Der B-PCGK wurde 2017 einer Überarbeitung unterzogen und um einige Punkte ergänzt. Gemäß Punkt 15 des B-PCGK ist gemeinsam mit dem Jahresabschluss auch ein Corporate Governance Bericht zu erstellen und auf der Internetseite zu veröffentlichen.
Corporate Governance Bericht 2023 (PDF, 0,4 MB nicht barrierefrei)
